Antrojo pasaulinio karo negandos nesunaikino tarpukariu gimusios idėjos, kad kūno kultūros ir sporto specialistai būtų rengiami Kaune. Sporto specialistų, pedagogų Aleksiejaus Šimano, Karolio Dineikos, Stasio Šačkaus, Alfonso Vietrino, Vinco Petronio ir kitų iniciatyva 1945 m. rugsėjo 2 d. Kūno kultūros rūmuose pradėtas kurti Lietuvos valstybinis kūno kultūros institutas. Jame dirbo 35 dėstytojai. Į pirmą kursą buvo priimta 90 studentų, į antrą – 36 (jie buvo pakviesti iš Vytauto Didžiojo universiteto).
Tais pačiais metais patvirtintas instituto Statutas, kuriame nurodyta, jog institute turi būti organizuojamas mokslinis metodinis darbas, garantuojantis fizinio auklėjimo ir sporto teorijos, praktikos, organizacijos specialistų, vadovėlių ir mokymo priemonių rengimą, profesorių bei dėstytojų kvalifikacijos kėlimą.
1945–1990 m. institute atliekami siauros sporto mokslo srities – kūno kultūros specialistų ir sportininkų rengimo testavimo – taikomieji moksliniai tyrimai. Nebuvo susiformavusi mokslinių tyrimų rezultatų publikavimo kultūra.
Šeštojo dešimtmečio pradžioje LVKKI auklėtinis Kostas Labanauskas Vilniaus higienos ir sanitarijos institute apgynė pirmą kandidatinę (dabar daktaro) disertaciją sporto tema. Nuo 1945 iki 1980 metų buvo apgintos trys mokslų daktaro (habilituoto daktaro) ir 22 kandidato (daktaro) disertacijos. 1980 m. institutui buvo suteikta aspirantūros teisė. Nuo 1993 m. LKKI vykdomos edukologijos ir biologijos krypties doktorantūros studijos.
Nuo 1945 iki 1990 m. studijos institute buvo organizuojamos pagal tipines mokymosi programas bei SSRS patvirtintus aukštojo ir specialiojo vidurinio mokslo mokymo planus. Institute buvo rengiami kūno kultūros dėstytojai, sporto šakų treneriai, pradinio karinio rengimo ir kūno kultūros mokytojai, kūno kultūros, sveikatingumo ir turizmo organizatoriai.
Institutui vadovavo: Aleksiejus Šimanas (1945–1946 m.), Albinas Čepas (1946 m.), Jonas Uloza (1946 m.), Gabibas Alachverdovas (1946–1947 m.), Eugenijus Sizyj (1947–1951 m.), Aleksandras Gudanovičius (1951–1954 m.), Jurgis Palaima (1954–1961 m.), Aleksandras Gudanovičius (1961–1978 m.), Stanislovas Stonkus (1978–1990 m.), Valerijus Jasiūnas (1990–1992 m.), Albertas Skurvydas (1992–1995 m.), Kęstutis Miškinis (1995–2001 m.).
Nuo 1945 iki 2000 metų kūno kultūros instituto diplomai įteikti apie 10 tūkst. absolventų.
