Dar vienas naujas etapas prasidėjo 1999 m. gegužės 8 d., kai Lietuvos Respublikos Seimo nutarimu institutas tapo Lietuvos kūno kultūros akademija, o 2012 m. rugsėjo 12 d. Lietuvos Respublikos Seimo švietimo, mokslo ir kultūros komitetas vienbalsiai pritarė Lietuvos kūno kultūros akademijos pavadinimo keitimui. Aukštoji mokykla tapo Lietuvos sporto universitetu.
Bėgant metams Universiteto svarba nemažėjo. Jis išliko vienintelis Lietuvoje, kuriame atliekami visų pagrindinių sporto ir sveikatinimo krypčių moksliniai tyrimai, vykdomos bakalauro, magistro ir doktorantūros studijos.
Prasiplėtė mokslinių tyrimų objektas, atsirado naujų sporto mokslo temų. Gauti tyrimų rezultatai publikuojami tarptautiniuose prestižiniuose mokslo žurnaluose, o apie trečdalis tyrimų atliekama su kitų šalių tyrėjais.
Universitete vykdomos visų pagrindinių sporto ir sveikatinimo krypčių studijos, rengiami aukšto lygio sporto, fizinio ugdymo, kineziterapijos, sporto ir laisvalaikio vadybos profesionalai. Universitetas didžiuojasi savo alumnais – sportininkais ir treneriais, kurie tapo olimpinių žaidynių, pasaulio, Europos čempionatų ir universiadų čempionais.
LSU pirmas tarp Lietuvos ir kaimyninių Baltijos šalių aukštųjų mokyklų pelnė reikšmingą Europos Komisijos įvertinimą „HR Excellence in Research“.
Universiteto vadovai: Albertas Skurvydas (2001–2016 m.), Aivaras Ratkevičius (2016–2017 m.), Diana Rėklaitienė (nuo 2017 m.).
