Antanas Jurgelionis
1932-1934
Aukštųjų kūno kultūros kursų steigimo iniciatorius
Tautinės kūno kultūros sistemos kūrėjas, Lietuvos Sporto Lygos (Tautinio olimpinio komiteto) vadovas
Vadovai
Vytautas Augustauskas-Augustaitis
1934-1938
Aukštųjų kūno kultūros kursų direktorius
Vienas iš tautinės kūno kultūros sistemos kūrėjų, Kūno kultūros rūmų vadovas
Aleksejus Šimanas
1945
Lietuvos valstybinio kūno kultūros instituto steigimo iniciatorius, trumpai ėjo instituto vadovo pareigas
Vienas iš pokarinės LSSR kūno kultūros ir sporto sistemos kūrėjų, Žalgirio sporto daugijos veiklos pradininkū ir organizatorių
Karolis Dineika
1946-1947
Instituto direktorius, mokslo ir studijų reikalų vadovo pavaduotojas
Vienas iš tarpukario tautinės kūno kultūros ir sporto sistemos kūrėjų, krepšinio, gimnastikos ir sveikatinančios kūno kultūros propaguotojas, Lietuvos fizinio lavinimo sąjungos steigėjas.
Eugenijus Sizyj
1947-1951
Kūno kultūros instituto direktorius
Pirmasis nuolatinis kūno kultūros instituto vadovas.
Jurgis Palaima
1954-1961
Kūno kultūros instituto direktorius
Sporto psichologijos pradininkas Lietuvoje.
Aleksandras Gudanovičius
1961-1978
Lietuvos valstybinio kūno kultūros instituto rektorius
Vienas iš pokarinės LSSR kūno kultūros ir sporto sistemos kūrėjų,
Stanislovas Stonkus
1978-1990
Lietuvos valstybinio kūno kultūros instituto rektorius
Ilgametis Lietuvos kūno kultūros instituto vadovas, atkurtos Lietuvos krepšinio federacijos vadovas, Sporto žodyno ir Lietuvos sporto enciklopedijos kūrimo iniciatorius
Valierius Jasiūnas
1990-1992
Lietuvos valstybinio kūno kultūros instituto rektorius
Ilgametis Lietuvos kūno kultūros instituto dėstytojas, Raumenų funkcijų ir motorinės kontrolės tyrimų pradininkas, Lietuvos olimpinės akademijos vienas iš steigėjų
Albertas Skurvydas
1992-1995
2001-2016
Lietuvos valstybinio kūno kultūros instituto, Lietuvos kūno kultūros akademijos, Lietuvos sporto universiteto rektorius
Vienas iš sporto mokslo Lietuvoje pradininkų, raumenų funkcijų ir judesio valdymo laboratorijos steigėjas.
Kęstutis Miškinis
1995-2001
Lietuvos kūno kultūros instituto, Lietuvos kūno kultūros akademijos rektorius
Sporto edukologijos teoretikas ir praktikas, aktyvus olimpizmo ir kilnaus elgesio idėjų propaguotojas, Lietuvos olimpinės akademijos akademikas
Aivaras Ratkevičius
2016-2017
Lietuvos sporto universiteto rektorius
Vienas iš pirmųjų Lietuvos sporto mokslininkų sulaukęs tarptautinio pripažinimo molekulinės fiziologijos raumenų funcijų, motorinės kontrolės ir sveikatinamojo poveikio tyrimų srityse
Diana Rėklaitienė
Nuo 2017 iki dabar
Lietuvos sporto universiteto rektorė
Pirmoji moteris universiteto rektorė Lietuvoje, universiteto autonomijos išsaugojimo iniciatorė.